2019年1月13日在南京市江北新区召开了扬子江生态环境研究及长江大保护南京驻点跟踪工作座谈会，会议由江苏省生态环境厅、南京市生态环境局组织，驻点跟踪工作单位南京大学、生态环境部南京环境科学研究所、江苏省环境科学研究院、江苏环保产业技术研究院股份公司等代表参会。
会上南京大学李爱民教授详细介绍了扬子江生态文明创新中心的建设方案和工作设想，谢显传副教授介绍了长江驻点城市跟踪研究工作要求，张效伟教授介绍了扬子江生态健康地图绘制及环保监测新技术，倪天华副教授介绍了扬子江生态承载力研究方案，施鹏博士介绍了扬子江干流及入江支流水质调研方案。
各高校和科研院所专家对扬子江生态文明创新中心建设方案和驻点、预研工作方案表示了认可，分别介绍了各单位特色和优势，均表示将结合单位特点融入中心建设工作中，并对扬子江生态文明创新中心建设的实施方案和预研工作提出了意见建议，包括重视岸线生态保护、梳理问题清单、面向不同行业集成整装成套技术等具体建议。
南京市环保局总工程师李文青表示，长江大保护既是政治高地，也是思想高地，扬子江生态文明创新中心建设是顺应国家战略和地方需求的重要举措。市环保局将认真落实生态环境部文件精神，特别是深入研究相关任务和具体要求，主动参与，积极支持，随时对接驻点研究工作，建议扬子江生态文明创新中心建设和驻点工作相互融合，贯通结合，以南京市水环境质量提升为目标，梳理南京市重大环境问题，用清单思维，以问题导向，做好各项具体工作。
江苏省水利厅副处长张建华认为扬子江生态文明创新中心建设非常超前、必要，建议中心通过系统研究和积累，把扬子江流域的基本问题摸清楚，期待扬子江生态文明创新中心成为扬子江乃至长江保护的示范、品牌。
南京市环保局包洪新局长认为，扬子江生态文明创新中心作为高层次的顶级创新中心，需要站在更高角度上思考中心的内涵、方向和未来，并指出，扬子江生态文明创新中心的生命力在创新，希望中心通过科技创新和成果积累，为南京和江苏生态文明建设提供强有力的科技支撑和一大批可应用的科技成果。建议中心在起步阶段，首先收集与会高校、科研院所的科研成果，结合长江生态保护工作需求进行梳理、筛选，形成近期可集成创新的成果，以快速产出丰硕成果。
江苏省生态环境厅于红霞副厅长对本次会议进行了总结，对扬子江生态文明创新中心建设方案表示了肯定，期望与会专家和扬子江生态文明创新中心参与到省厅环境标准建设工作中去。围绕长江驻点跟踪研究工作，于厅长建议梳理好问题清单、责任清单，重点回答“如何实现入河污染源排放、排污口排放和水体水质联动管理”的问题。针对下一步工作，于厅长希望尽快组建管理团队，建立工作机制，以便定期抓落实。
扬子江生态文明创新中心筹备组负责人、南京驻点跟踪研究负责人李爱民教授表示，扬子江中心三大任务是做好政府智库、解决扬子江问题、推进生态产业化，中心将围绕扬子江生态环境保护问题，梳理水专项实施以来相关高校、科研院所的关键技术，建立问题库、技术库、专家库，积极推进长江大保护南京驻点工作，并将积极参与省厅环境标准制定工作。在前期积累的淮河治理经验的基础上，以入江河流污染防控与生态健康恢复为抓手，尽快展开预研工作，杼理问题，组织大兵团协同作战与联合攻关，为长江保护贡献力量。
通过本次咨询会的研讨和交流，高校和科研院所的领导、专家对参与和支持扬子江中心建设工作达成共识，并建成了扬子江生态文明创新中心高校及科研院所工作群，为扬子江生态文明创新中心建设体制机制研讨完善和建设方案落地提供了有利保障。